在接到了圣旨后，各地官员便开始严格执行他的命令，不顾当地的实际情况，按各户的人数开始摊派造船所需要的费用，并征调民夫以及各类造船所需的材料，一时间导致全国各地民不聊生，大批的百姓实在难以为继，只能揭竿而起。

至元十七年（1280年）四月，江西南康一名叫做杜可用的百姓利用‘白莲会’组织起义，在短时间内裹挟了数万不堪压迫的流民，并自称“天王”，开始公然反抗元朝的统治。

时任江西行省参知政事的贾居正闻讯后，任命手下大将方文为招讨，负责剿灭这支叛军，方文得令后仔细分析了杜可用农民军的心理和作战方式，决定采用奇袭，他先把自己伪装成一个商人的样子，将一小队精兵暗藏于自己所乘坐的船队之中，而后便大摇大摆地进入了农民军的心腹重地，并直捣黄龙，将聚集在一处茅屋中的农民军首脑全部生擒，并将他们磔死于南昌，以儆效尤。

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磔刑，是古代最残酷的刑罚之一，他的处决方式是先将肉从骨头上一片一片割下来，然后再趁着犯人未死之时活生生的将他的各处肢体切下来，最后在犯人被折磨的奄奄一息之时再用刀割断他们的喉咙，让他们亲眼看着自己的血喷出几米高，然后在痛苦中慢慢死去。

忽必烈之所以将杜可用等人处以这种极刑，完全是为了震慑那些蠢蠢欲动的人，希望能用鲜血来让他们忌惮。

可忽必烈却不知道，杜可用等人之所以反叛，并不是因为他们想反叛，而是因为这个世道已经让他们活不下去了。

但很可惜，与其重典治乱，不如与民休息这个道理，忽必烈此时忘得一干二净。

就在杜可用举兵起事的同一年，位于福建的畲族首领陈大举也发动了起义，与其叔父陈桂龙在漳州自立为王，年号“泰昌”，并凭借地形优势，对前来围剿的元军展开了迎头痛击。

至元十九年四月，福建征蛮都元帅完者都、右副都元帅高兴率大军围剿，并以之前也曾反叛降将黄华为先导，连破起义军五寨，并以招安为名将陈大举诱至半山腰生擒，斩首于漳州。

可就在平定畲族人起义后没多久，黄华又再次起兵反叛，并改用“祥兴”五年的年号（宋末帝赵昺的年号）。

而这次反叛的原因则正是因为忽必烈要准备第三次东征，所以对于福建这些沿海的省份压迫更甚，与他互相响应的，还有广东人林桂方和赵良铃，他们在广东新会县建立“罗平国”，自称年号“延康”，聚集了万余人开始袭扰各处元军所控制的城市，只不过仅仅四个多月后，他们便被元军剿灭。

但相比于广东义军的小打小闹，黄华的威胁十分巨大，因为和人烟稀少的广东不同，福建人口稠密，再加上当初南宋流亡朝廷一直在福建境内活动，所以在他打出恢复宋室的旗号后，响应者极多。

而且由于福建本就是造船厂最集中的地方，一旦这里失去控制，忽必烈第三次东征的计划就会耽搁上很长时间。

所以在得到了黄华反叛的消息后，忽必烈急忙下令在扬州操练，预备东征日本的刘国杰部（刘国杰当时任征东行省左丞，是阿塔海的副手）与调任到浙西行省的高兴部，配合江淮兵和福建兵四路齐进，围剿黄华。

面对着来势汹汹的元军，黄华也急忙做出了应对，他将麾下的全部兵力都屯驻于建宁（今福建三明市建宁县），并在这里布下了层层工事，准备抵御元军的进攻。

但起义军终归不是正规部队，在面临这个时代最悍勇的蒙古骑兵时，他们脆弱的防守显得不堪一击。

蒙古铁骑再一次用鲜血证明了他们“陆战无敌”的称号绝非浪得虚名。

起义军先在铅山被高兴部斩杀八千余人，而后又在建宁城被元军击败，黄华只好退往江山洞，在再一次被打败后又退向了赤岩寨负隅顽抗，最终又被元军击败，而黄华也自焚而死。

但这些起义军的死并不是毫无价值，在各地纷纷爆发反叛之后，无数的紧急军情通过驿站不断往大都汇聚。

忽必烈只是被一时的愤怒冲昏了头脑，而今冷静下来之后，也感觉到了情况似乎有些超出了自己的预料。

毕竟，民间的反对声音已经转化为实质上的反叛了。

再加上因为黄华的这一闹腾，连在江淮训练的东征军都不得不被抽调出去平叛，这也让他更深刻的意识到，再次发动跨海作战，似乎有些不切实际。