攻克常州和苏州之后，淮军的实力得到了极大的增强，刘铭传的部队也迅速壮大，独立成军。他的部队分为左、中、右三军，每军六个营，再加上一个炮营、亲兵营及幕僚人员，总计约有九千人，配备了大量的洋枪，成为淮军中的主力之一。

1863年七月，刘铭传接到命令追击太平天国的余部。洪秀全的儿子洪天贵福在洪仁玕等人的保护下逃往广德，后被太平天国将领黄文金接到湖州。刘铭传率部追击，攻陷了湖州和广德，并在战斗中击毙了黄文金。洪仁玕与洪天贵福最终逃往江西，但不幸被俘，壮烈牺牲。刘铭传因此功绩，被清廷正式任命为直隶提督。至此，年仅28岁的刘铭传已经达到了清朝军队中的高级军衔，成为当时淮军将领中任职最高的人之一

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四、镇压捻军

1864年，曾国藩亲自督师剿灭捻军，刘铭传奉令率军由广德北上参与行动。此时，清将僧格林沁正率领精锐骑兵追击捻军，但捻军行动迅速，僧格林沁部疲于奔命。刘铭传的 铭 军 则遵循曾国藩、李鸿章的旨意，保存实力，驻守在六安、霍山一带，并未积极参战。结果，僧格林沁部在追击中遭遇了捻军的埋伏，1.1万多人马被全歼，僧格林沁本人也毙命。

清廷得知此事后震怒，对曾国藩进行了严厉的申饬，并给刘铭传处以革职留任的处分。然而，刘铭传并未因此气馁，他继续追击捻军，冲过周家口，强渡沙河，最终在宏济桥与捻军赖文光、任化邦、牛洛红等部遭遇。铭军凭借强大的洋炮队火力，对捻军造成了重大杀伤，并于次年三月攻下了黄陂县城。刘铭传因此官复原职，重新获得了清廷的信任。

然而，捻军的势力并未被完全消灭。九月，赖文光部与张宗禹部冲破曾国藩的沙河防线，进军河南中牟，并分为东、西两股捻军。曾国藩的河防战略宣告失败，他因此引咎辞职。清廷随后任命李鸿章接任剿捻重任。

李鸿章上任后，趁机扩充淮军，铭军也得到了迅速的发展，尤其是马营的数量和战马数量大幅增加。铭 军 负责追剿东捻军，经过三年的艰苦战斗，终于在扬州瓦窑铺将东捻军战败。清廷对刘铭传的战功进行了封赏，但刘铭传认为封赏太少，且自己积劳成疾不能坐骑，于是请假回乡养病。

在东捻军垂危之际，西捻军闻讯驰援，直逼天津。清廷惊恐万分，严旨催促刘铭传率军护卫。刘铭传向李鸿章献计，将西捻军引到黄河、运河、徒骇河之间的狭长地带进行决战。铭 军 在西捻军被围后发起猛攻，最终致西捻军全军覆没。刘铭传因此晋爵一等男，成为清廷的重要将领之一。

五、失意闲居

随后赴陕甘，配合左宗棠镇压回民起义 [31]。至陕甘后，刘铭传头伤后遗症复发，加之李鸿章保荐出任陕西巡抚未成，以“脑痛欲裂”为由，奏准获假3个月回籍休养。此时 铭 军已有2万人马，刘铭传推荐甘肃提督曹克忠统领。刘回家不久，铭军武毅右营士兵因不服曹克忠管理而发生哗变。因此，刘铭传以荐举 非 人 而受革职处分。刘铭传心灰意冷，退志更坚，即在家乡大兴土木，修建庄园，修成合肥西乡的刘老圩和六安麻埠的刘新圩。

六、保卫基隆港

1883年，中法战争爆发，此时的刘铭传虽已退居乡间多年，但国家的危难时刻唤起了他内心深处的责任感。面对日益严峻的国内外形势，刘铭传毅然决定重返战场。清政府任命他为督办台湾事务大臣，并随后授予他福建巡抚的职务，加兵部尚书衔，负责筹备抗击法国侵略者的任务。

1884年六月，法国军队将战火蔓延至台湾海域，清廷召见刘铭传入京，他立即呈递了一份关于整顿海防和强化军事准备的奏折，表明了坚定的抗法立场。同月，清廷诏令刘铭传督办台湾军务，法国则集结了一支特遣舰队准备进攻台湾。