雍正元年（1723年）五月，雍正帝下令将四川、陕西、甘肃、云南四省的一切事务交由年羹尧办理，显示了对年羹尧的信任和支持。不久之后，雍正帝又以延信驻扎甘州、指挥不便为由，免去了延信的西安将军职务，改命年羹尧继配夫人的叔叔、缺乏军事经验的宗室普照署理西安将军，实际上将西安八旗驻防军的指挥权也交给了年羹尧。
同年八月，罗卜藏丹津正式起兵反清，雍正帝命令年羹尧等人派兵接应被袭击的亲清王公，并派遣在西宁的侍郎常寿前往罗卜藏丹津军中宣谕，试图令其罢兵。然而，罗卜藏丹津已决心叛乱，不仅拘禁了常寿，还率领部队进攻西宁及周边地区。
面对这一紧急局势，雍正帝于同年十月正式任命年羹尧为抚远大将军，率领大军前往西宁进行救援，并与罗卜藏丹津作战。最初，战局对清军不利，年羹尧被困西宁，但他表现得镇定自若，率领少数士兵坐在城楼上，假装城中有大量援军。罗卜藏丹津误以为其中有诈，于是率军撤退。年羹尧随即指挥军队出击，罗卜藏丹津未料到年羹尧兵力如此之少，未能做好充分准备。在战斗中，年羹尧命令军队向桌子山藏族人开炮，造成了藏族人大量的伤亡。随着岳钟琪的部队到达，直接进攻敌营，罗卜藏丹津最终败逃，仅率少数人逃离战场。
在年羹尧困守西宁期间，国舅隆科多曾秘密向雍正帝建议，应该派人牵制年羹尧，以防他倒戈造反。然而，怡亲王允祥却持反对意见，认为既然已经将大军交给年羹尧指挥，那么再派人掣肘会影响军事行动的顺利进行。雍正帝最终采纳了允祥的意见，继续信任年羹尧。
年羹尧在岳钟琪的辅助下，逐步扭转了战场上的被动局面。雍正二年（1724年）二月，年羹尧终于击败了罗卜藏丹津的主力部队，平定了青海叛乱。捷报传到京城时，正值清明节，雍正帝正在景陵祭奠先皇。得知这一消息后，雍正帝欣喜若狂，立即晋封年羹尧为一等公，并赞扬年羹尧及其部下不仅为他的“功臣”，更是他的“恩人”。
四、渐失信任
年羹尧平定青海后，继续镇守西北，处理善后事宜。在此期间，雍正帝对年羹尧的信任达到了顶峰，不仅在军事方面依赖他，就连朝中的重大事务，无论是否与军事有关，雍正帝都会私下与年羹尧商议。例如，在处理耗羡归公一事上，雍正帝采纳了山西巡抚诺敏的提议，但朝廷中的大臣们并不赞同。面对这种情况，雍正帝专门询问年羹尧的意见，表示：“此事朕不洞彻，难定是非，和你商量，你意如何？”在另一件事上，雍正帝打算将周敦颐、程颢、程颐三位儒学大家入祀孔庙，但考虑到父亲康熙帝已将朱熹入祀，如果将周、程置于朱熹之前，似乎不太妥当。雍正帝再次征求年羹尧的意见，希望他能“详细推敲奏来”。对于年羹尧的意见，雍正帝给予了高度评价，并要求大臣们仔细参考。
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年羹尧的影响力不仅限于军事和政务，甚至在翰林院庶吉士的散馆考试中，雍正帝也会征求年羹尧的意见，以确定考试的等第和名次。这表明年羹尧在当时的政治舞台上几乎无所不在，其地位之高可见一斑。
然而，随着年羹尧权势的膨胀，他也逐渐与掌握人事权的吏部尚书隆科多以及掌握财政权的怡亲王允祥产生了矛盾。年羹尧在平叛期间频繁利用军功保举官员，通过密折直接向雍正帝推荐，使得他所推荐的人得以迅速升迁。这种做法导致吏部不得不为年羹尧设立专门的档案记录，称之为“年选”，这显然触动了隆科多的利益。
在财政方面，年羹尧多次请求免除四川和陕西的赔补，并要求减轻陕西亏空官员的处罚。雍正帝批准了年羹尧的请求，这使得其他省份也开始效仿，给允祥主持的清查国库亏空工作带来了很大的困扰。雍正帝意识到年羹尧与隆科多、允祥之间的矛盾，试图通过将年羹尧的儿子年熙过继给隆科多以及通过赠送允祥主管造办处所制的珐琅鼻烟壶等方式来调和三人之间的关系，但年羹尧对此反应冷淡，未能达到预期的效果。
此外，雍正帝的政敌、康熙帝第九子允禟被安排随从年羹尧出征，表面上是为了让军中有皇子坐镇，实际上是希望年羹尧能够监视允禟。然而，年羹尧在康熙朝与允禟有过交情，并未认真履行监视职责，也没有罗织允禟的罪名，这让雍正帝颇为不满。
年羹尧自身的一些行为也逐渐引发了雍正帝的不满。他爱慕虚名，喜欢自我标榜，并且喜欢接受奉承，不能拒绝贿赂，这导致他荐举官员时过于泛滥，甚至出现了因受贿而推荐的情况。这些行为不仅损害了他的形象，也逐渐加剧了他与雍正帝之间的嫌隙。
罗卜藏丹津之乱平息后，年羹尧以健康状况不佳为由请求交出兵权，希望能调回京城。面对年羹尧的请求，雍正帝一方面表达了对年羹尧健康的关心，提供了药物和疗养方法，另一方面则希望年羹尧能够继续留在西北，以防外界对君臣关系产生猜疑。雍正帝认为年羹尧继续留任可以成为一个“千古奇榜样”，以此来展示君臣和睦。
雍正二年（1724年）十月，年羹尧进京请训，汇报西北的情况。这是他外放后第三次入朝觐见，持续了一个多月的时间。年羹尧此次进京，雍正帝给予了极高的重视，特意让礼部拟定仪注。礼部侍郎三泰所拟的仪注未能满足雍正帝的要求，结果被降级处理。
年羹尧进京时，沿途的铺面被要求关闭，陕西巡抚范时捷、直隶巡抚李维钧等地方官员跪地迎送。当他从广宁门（广安门）进入京城时，王公大臣们跪接于门外，年羹尧策马而过，毫不动容。即便王公们下马问候，他也只是微微点头回应。这种行为显示出年羹尧的傲慢与不羁，与当时的社会规范不符。
在京城期间，雍正帝对年羹尧进行了丰厚的赏赐，包括双眼孔雀翎、四团龙补服、黄带、紫辔以及金币等物品。此外，雍正帝还让年羹尧与总理事务王大臣及中枢近臣们一起面承上谕，下达圣旨。雍正帝称赞年羹尧记忆力好、表达能力强，且性格直率，不徇私情，有考察年羹尧是否适合担任中枢大臣的意图。
然而，年羹尧长期在外任职，对于京中复杂的官场规则和礼仪并不熟悉。他在京中的行为举止过于张扬，不仅让同僚反感，还引起了雍正帝的不满。年羹尧在与雍正帝会面时，甚至在御前“箕坐”，这种随意的姿态被认为是不尊重的表现。尽管如此，雍正帝依然给予了宽容。
更严重的是，年羹尧在京中招揽势力，四处插手政务，宣扬自己的权威和功绩。他的家仆魏之耀也仗势欺人，作威作福。有一次，年羹尧拜访怡亲王府后，对直隶巡抚李维钧评论王府内部布置简陋，显得矫情违意。这些言行透露出年羹尧对权势的渴望和对同僚的轻视。
雍正帝对年羹尧的行为虽有不满，但并未直接表达出来。在一次公开的上谕中，雍正帝谈到“为君难、为臣不易”，表面上是在谈论君臣之道，实际上是在暗中敲打年羹尧。然而，年羹尧并未从中领悟到雍正帝的警告，没有采取任何谢罪或请辞的举动。
十二月，年羹尧回到了西安。据说在这次进京期间，雍正帝的一位亲信（可能是禅僧文觉）曾建议扣留年羹尧，但雍正帝相信自己能够控制局面，没有采纳这一建议。尽管如此，雍正帝已经开始对年羹尧产生了戒心，并逐渐萌生了除掉他的念头。