崇祯七年（1634年），随着农民军渡过黄河，左良玉与其他将领被分配到各自的防区。此时，陈奇瑜和卢象升分别在陕西和湖北地区镇压农民军。夏天，中州地区暂时没有大规模的战斗。然而，陈奇瑜在车箱峡放走了李自成，这一举动促使朝廷考虑联合山西、河南、湖北、四川的兵力从四面围剿农民军。

农民军随后兵分三路：一路向庆阳方向挺进，一路进入郧阳，还有一路出关后直奔河南。进入河南的农民军又分成三个分支，对各地造成了极大的压力。左良玉负责扼守新安、渑池，而其他将领如陈治邦驻守汝州，陈永福扼守南阳。这些将领们大多采取了守势，未能有效地对抗农民军。

农民军的每个兵营拥有数万士兵，能够轮番作战，且军粮供应充足。相比之下，官军数量较少，且分散防守，粮食和军饷补给困难。农民军骑兵速度快，一天之内可以行军数百里，而官军以步兵为主，行军速度慢，长途跋涉后疲惫不堪，因此官军普遍存在畏敌心理。

在怀庆的时候，左良玉与当地督抚的意见不合，这使得他心中产生了私心，不再全力追击农民军，而是开始收留投降的将领以扩充自己的势力。督抚用文书征调他的军队时，左良玉也不按时响应，显示出他逐渐变得骄横自恣的迹象。

到了十二月，在磁山与农民军相遇时，左良玉与其部下与农民军发生了多次大规模的战斗。这些战斗异常激烈，左良玉率领的军队追击农民军超过了一百多里。虽然左良玉在战斗中表现出了一定的军事才能，但由于他与督抚之间的矛盾和个人野心的增长，导致他未能全力以赴地对抗农民军，从而为后来的局势埋下了隐患。

五、屡战闯军

崇祯八年（1635年）正月，农民军在颍州发动攻势，破坏了凤阳的皇陵。在农民军攻占鹿邑、柘城、宁陵、通许等地时，左良玉驻军许州，未能及时前往救援。四月，督师洪承畴驻扎汝州，命令各位将领分地拦截农民军。尤世威把守洛南，陈永福控制卢氏、永宁两地，邓玘、尤翟文、张应昌、许成名在湖广阻击农民军。考虑到吴村、瓦屋是内乡、淅川的战略要地，左良玉被命令与汤九州一同带领五千人扼守。

不久，邓玘因士兵哗变而死，曹文诏在陕西征讨农民军时也在真宁兵败身亡。农民军的气势愈发高涨，他们越过卢氏，直逼永宁。巡抚元默被捕还未离任时，命令左良玉从内乡与陈治邦、马良文一起前去援助卢氏。八月，左良玉在鄢城击败农民军。九月，左良玉追击农民军至郏县的神篨山。农民军的营地绵延数十里，采用轮换作战的方式消耗明军的体力，左良玉意识到形势不利，决定撤回兵力，停止了战斗。农民军随后进攻密县，左良玉从郏县出兵援救，迫使农民军撤离。十月，左良玉抵达灵宝，与辽东总兵官祖宽的军队联合，在涧口、焦村歼灭农民军。十一月，李自成离开朱阳关，张献忠长期占据灵宝，闯王高迎祥也与他联手。左良玉与祖宽在灵宝阻截，但未能抵挡住农民军的强大攻势，导致陕州失陷。农民军接着向东进攻洛阳，左良玉与祖宽跟随巡抚陈必谦解救洛阳，迫使农民军撤退。高迎祥、李自成的部队前往偃师、巩县，张献忠则逃往嵩县、汝州。左良玉从洛阳出发追击高迎祥和李自成，祖宽则分兵打击张献忠，救援汝州。此时，总理卢象升从湖广赶来，与祖宽一起在汝州西部大败农民军，并命令偏裨将领在宜阳的黄涧口再次击败农民军。

崇祯九年（1636年）二月，农民军在登封的郜城镇被击败，逃往石阳关，并与伊阳、嵩县的农民军会合。原总兵官汤九州从嵩县深入，与左良玉夹攻农民军。然而，在战斗中，左良玉中途撤退，汤九州孤军深入追击四十里，最终因孤立无援而战败牺牲。左良玉却将这场战斗当作捷报上报朝廷。五月，卢象升派遣祖宽、李重镇随陕西总督洪承畴向西推进。左良玉的军队实力最强，且大部分士兵来自中州，因此他独自留在河南。由于左良玉性格骄横傲慢，难以驾驭，朝廷派遣孔道光代替他的偏将赵柱驻守灵宝，防守洛西；左良玉与罗岱则驻守宜阳、永城两地，防守洛东。七月，左良玉的军队抵达开封，从登封的唐庄深入，从清晨激战至下午，迫使农民军向西撤退。陈永福刚刚在唐河击败敌人，农民军到达田家营时，左良玉渡河进攻，杀死、俘虏了许多农民军士兵。九月，巡抚杨绳武弹劾左良玉回避敌人，朝廷责令他立功赎罪。

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崇祯十年（1637年）正月，农民军将领老回回联合曹操、闯塌天的各部兵力沿江东下，安庆传来警报。朝廷命令左良玉从中叶出发前去援救。左良玉途中剿杀了南阳的土匪杨田、侯驭民、郭三海，随后急速抵达六安，与农民军相遇。部将罗岱、道兴乘胜作战，连连获胜。农民军逃往霍山和潜山。与此同时，马爌、刘良佐在桐城、庐州、六安也多次击败农民军，滁州、和州两地的农民军也向西撤退，江北的危急状况有所缓解。

六、拥兵自重

崇祯十一年（1638年），左良玉与总兵陈洪范在郧西大败农民军。张献忠企图以官府的名义袭击南阳，驻扎在南关。左良玉刚好赶到，心中起疑，便召见张献忠，张献忠见状逃跑。左良玉追赶并射箭，射中张献忠的肩膀，又挥刀砍击，张献忠满脸是血。幸亏他的部下及时救援，才得以逃脱，随后逃往谷城，并不久请求投降。左良玉认为张献忠是假装投降，竭力请求向他进攻，但总理熊文灿不同意。九月，熊文灿进攻郧阳、襄阳两地的农民军，斩获两千首级。十二月，河南巡抚常道立派遣左良玉前往陕州。农民军趁卢氏守备空虚，逃往内乡、淅川两地。这个月，许州发生兵变，左良玉的家眷安置在许州，在兵变中遭到杀害。

崇祯十三年（1640年），督军杨嗣昌推荐左良玉，称其具有“大将之才，兵亦可用”，任命他为平贼将军。之后，在川陕交界的平利一带与张献忠遭遇，张献忠大败，其妻妾被俘，农民军的重要人物也被杀。左良玉因此被加封为太子少保。尽管杨嗣昌任命左良玉为平贼将军，但仍觉得此人难以驾驭。除了督师约束左良玉外，他还暗许贺人龙可以在适当时候取代左良玉的职位。正当贺人龙跃跃欲试急于取代左良玉的时候，左良玉在玛瑙山与农民军交锋中，大破农民军。杨嗣昌对贺人龙说，关于任命的事以后再说。贺人龙因此怀恨在心，并将此事告诉了左良玉。左良玉记恨在心，于是在川陕一战中，杨嗣昌命令左良玉堵截农民军时，左良玉袖手旁观。尽管杨嗣昌多次下令，左良玉仍然置之不理。由于左良玉未参与战斗，张献忠从容出川攻打襄阳，农民军大胜，杨嗣昌因此气愤至极，最终汤水不进而亡。崇祯十四年（1641年），左良玉被削职，戴罪立功自赎。

崇祯十五年（1642年），督师侯恂拨款五十万犒赏左良玉的部下。左良玉与李自成在朱仙镇会战，结果左良玉大败，退至襄阳。在开封再次交战时，左良玉不敢迎战。李自成随后攻打襄阳，左良玉撤退至武昌。在武昌，左良玉向楚王索要兵员和粮饷，但都没有得到补给，于是开始掠夺武昌，包括漕粮盐舶。到达九江后，左良玉拥兵二十万，采取观望自保的态度。后来，张献忠攻克武昌，朝廷严厉命令左良玉出兵。左良玉这才出战，大败立足未稳的张献忠，收复了汉阳。待张献忠进入四川后，左良玉出兵收复武昌。

七、进爵为侯

崇祯十七年（1644年）三月，随着北京被李自成攻陷的消息传来，明廷面临着前所未有的危机。为了稳定局势，朝廷下诏封左良玉为宁南伯，并授予他的儿子左梦庚平贼将军的大印，承诺大功告成后让他们父子世代把守武昌。此外，朝廷还命令给事中左懋第顺路经过时督促左良玉出兵作战。左良玉于是制定了详细的出兵计划，并提交给了朝廷。

然而，左良玉的奏疏尚未得到回复，北京已被李自成攻占的消息就已经传来。左良玉部下的将领们闻讯后人心惶惶，因为江南已经拥立了福王朱由菘为新的君主，他们请求率兵东下。左良玉得知后痛哭失声，并发誓不允许他们东下。副将马士秀坚定地支持左良玉，他说：“哪个不听左公命令要东下，我杀了他！”并且在大船上架起了大炮，截断了长江航线，这一举动稳定了军心。