在内部管理上，袁崇焕与麾下将领满桂和赵率教之间的矛盾凸显了他面临的复杂局面。赵率教和满桂的不和，迫使袁崇焕在两者之间做出选择，这不仅考验了他的领导能力，也反映了当时军队内部的派系斗争。袁崇焕原本支持赵率教，但最终在朝廷调解下，他做出了妥协，同意留下满桂镇守山海关，而赵率教则被调往宁远，这一决策体现了他在权衡利弊后的务实态度。
在努尔哈赤去世后，袁崇焕试图抓住后金内部权力更迭的时机，派遣使者以吊祭为名探查敌情，这显示出他作为军事领袖的敏锐洞察力。然而，这一行动也引发了与王之臣的分歧，后者担心此举会损害明朝与蒙古和朝鲜的关系，而袁崇焕的立场则得到了魏忠贤的支持。议和的提议，虽然出于战略考量，却在朝野中引起争议，最终导致了明金议和的破裂。
丁卯之役中，后金入侵朝鲜，袁崇焕虽然提前得知情报，但未能有效预警朝鲜，这暴露了明朝与盟友之间信息沟通的不足。在朝鲜陷入危机后，袁崇焕派遣援军，但行动效果有限，这反映了明朝在远程支援和战略调度上的局限性。
在锦州保卫战中，袁崇焕与满桂在战术选择上的分歧，再次凸显了他面临的内部挑战。满桂主张主动出击，而袁崇焕坚持固守城池，最终在红夷大炮的帮助下，守住了宁远。然而，救援锦州的行动并未取得预期成效，这不仅加剧了朝野对袁崇焕的质疑，也成为他辞职的导火索。
袁崇焕的辞职，表面上是因为健康原因，但实际上是他与朝廷长期矛盾的结果。他与王之臣的对立、议和争议以及援救行动的失败，都成为了朝廷批评他的理由。熹宗对他的评价“暮气难鼓，物议滋至”反映出朝廷对他的失望，特别是在议和问题上的不满。在后续的功勋评定中，袁崇焕的待遇远低于其他前线将领，这表明了朝廷对他的不信任和不满。
五、起用督师
袁崇焕在崇祯帝继位后不久即被召回，重获重用。在魏忠贤被清算的背景下，众多官员呼吁启用这位曾一度被视为边防中流砥柱的将领，以应对后金日益严峻的威胁。崇祯帝对袁崇焕的信任和期待可见一斑，不仅恢复了他的官职，还授予他兵部尚书兼都察院右副都御史的高位，赋予他督师蓟辽、登莱、天津等处军务的重任，这标志着袁崇焕的权力达到了新的高度。
在平台召见中，袁崇焕大胆提出了“五年复辽”的战略目标，这一宣言不仅体现了他对自身能力和边防形势的信心，也深深打动了崇祯帝，后者承诺将全力支持袁崇焕的计划，包括财政、军备、人事任命等方面的配合。袁崇焕的这一豪言壮语，虽然在私下与许誉卿交谈时被揭露为“聊慰上意耳”，即一种安慰皇帝的说辞，但这一失言也警示了他政治话语的严肃性和后果的严重性。
面对宁远兵变，袁崇焕迅速行动，不仅平息了叛乱，还采取了审慎的措施，通过招抚首恶、严惩参与者、安抚军心等手段，有效地控制了局势。这一事件促使袁崇焕更加重视军饷发放的及时性和透明度，他奏请朝廷提前积累军饷，确保每月按时发放，以避免类似事件的再次发生。同时，袁崇焕还致力于整顿军务，裁汰冗员，优化军队结构，提升武器装备质量，加强与蒙古部落的联系，以期构建更为稳固的边防体系。
在处理内部事务的同时，袁崇焕也未放弃与后金的外交沟通，尽管他恢复了与皇太极的通信，但仍保持了战略上的警惕，既不完全关闭议和之门，也不放松军事准备。然而，随着时间的推移，袁崇焕并未能迅速实现“五年复辽”的目标，这引起了朝中一些官员的质疑，尤其是毛羽健的质询，要求袁崇焕就其战略规划作出解释。面对质疑，袁崇焕再次强调自己不会空谈恢复，而是将实际行动作为回应。
六、杀毛文龙
袁崇焕上任督师后，面临的另一个重大挑战是如何处理与东江总兵毛文龙的关系。毛文龙自天启元年起，以朝鲜半岛的皮岛为根据地，建立了一条海上防线，对后金构成了不小的威胁，但也因其独立性强，难以驾驭，而成为朝廷的一大隐忧。袁崇焕与毛文龙的矛盾，早在宁远之战后就已显现，袁崇焕主张将毛文龙的部队移至宁远附近，以便于控制。
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在被任命为督师后，袁崇焕开始着手解决毛文龙的问题。他首先请求加强登莱海禁，改变东江运道，意图通过控制海运，切断毛文龙的物资和经济来源，迫使其服从。毛文龙对此强烈不满，双方矛盾进一步升级。在袁崇焕与毛文龙的几次会面中，毛文龙的傲慢和不服从，尤其是对袁崇焕提出的受节制及军务改革的抗拒，坚定了袁崇焕处决毛文龙的决心。
崇祯二年六月初，袁崇焕与毛文龙在双岛会面，袁崇焕借机宴请毛文龙，试图说服其主动辞职，但毛文龙的回应显示了他对自身价值的高度自信，拒绝了这一提议。在随后的对话中，毛文龙的态度愈发傲慢，袁崇焕最终决定采取行动。六月初五日，袁崇焕在设宴时突然发难，指控毛文龙犯有十二大罪状，包括专权、欺君、侵吞军饷等，当众宣读罪状后，袁崇焕下令处死毛文龙，执行者为赵可教、何麟图，使用的是袁崇焕持有的尚方宝剑。
毛文龙被处决后，袁崇焕迅速稳定了东江军的局势，将东江军分为四协，由毛承禄、徐敷奏、刘兴祚、陈继盛分别接管，并由陈继盛暂时统管东江镇。袁崇焕还亲自前往毛文龙灵前祭奠，表达了对毛文龙的私人敬意，同时安抚了军心。随后，袁崇焕前往旅顺，视察防务，确保东江镇的平稳过渡。
袁崇焕处决毛文龙的行动，虽然未经朝廷正式授权，但事后向崇祯帝请罪时，得到了皇帝的认可。崇祯帝认为毛文龙死有余辜，对袁崇焕的果断行动表示赞赏，这反映了皇帝对袁崇焕的信任以及对毛文龙问题的重视。这一事件，虽然解决了朝廷对毛文龙的长期忧虑，但也为袁崇焕后来的命运埋下了隐患，成为朝中部分官员攻击他的借口之一。