相较于朝鲜的稳定，日本的九州岛可就混乱的多了。

平户藩和唐津藩趁着叛变的消息尚未传播出去，两家迅速出兵消灭了毫无防备的岛原藩，瓜分了岛原藩的地盘，又继续出兵北上，占领了企救郡、远贺郡与鞍手郡（今北九州市），控制了北九州的绝大部分主要城市。

而天草岛的军队，也不甘落后，出兵三万登陆了岛津家的地盘，经过几年内战消耗的岛津家实力孱弱，根本不是其对手，就连岛津家的主城，东福寺城都被天草四郎率兵占领，成为天草四郎的主城。（位于现在的鹿儿岛市清水町）。

不久后，整个鹿儿岛成为天草四郎的地盘。（鹿儿岛的名字来源于荷兰人，17世纪荷兰殖民者为获得肉食从印度尼西亚引进了爪哇鹿在该岛进行养殖，岛屿因此得名鹿儿岛。）

东福寺城乃是岛津家的主城，更是南九州的政治中心，天草岛大军占领了此城，相当于是控制住了整个南九州。

1640年四月下旬。

九州岛被唐津藩、平户藩联军以及天草四郎麾下的大军瓜分完毕，岛上的其他藩镇势力被清扫一空，最后以唐津藩、平户藩联军占领熊本城而落下帷幕。

熊本城至大分郡（今日本大分市）以北，归属唐津藩与平户藩管辖，以南，则归属天草四郎管辖。

同时唐津藩和平户藩规定，天主教徒不允许前往熊本城至大分郡以北进行传教，并在其控制的领地中，把天主教设为邪教，不允许任何途径的传播。

而这条规定，顿时让双方的军队势同水火，只是双方碍于冯保和王明玉的面子上，尚未真刀真枪的开战，不过背地里的小动作并不少，双方都在秣马厉兵，随时准备给予对方致命一击，从而好掌控整个九州岛。

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江户，德川幕府府邸。

自从1640年一月初，德川家光得知唐津藩与平户藩叛变的消息后，立刻对九州岛进行了增兵。

只是，当德川幕府的援军抵达下关（今日本下关市），准备乘船渡海时，这才发现，唐津藩与平户藩早就在对岸修建了大量的防御工事，并且明军的数艘战舰也在海面上巡逻，至此，德川幕府的援军只能傻愣愣的站在岸边，遥望九州岛彻底沦陷。