刘庄根据刘秀的意思，画二十八将于云台，但对自己的岳父马援却不予收入，这就给大臣们一个信号，就是自己要限制和约束外戚。

而且，他在位时，他的三个大舅子、小舅子马廖，马光，马防都位不过九卿。

随后刘庄就开始处理外戚和豪强们，功臣、大司空窦融不善于约束自己的家人和子弟，结果子孙多不法。

窦融从兄子窦林坐欺罔及臧罪，下狱死。窦融的长子也是光武的附马窦穆因为封地离六安国比较近，就想占据六安，于是假传阴太后的旨意，让六安侯刘盱休妻而娶自己的女儿。后来此事被明帝知道，窦穆被免官，窦氏人中，除了窦融留京，全被迁回故郡。

窦融也被刘庄斥责，吓得窦融也辞职回家养病。窦穆等后来被赦免，允许回京城居住，但明帝派人严格监视他们。窦穆心怀不满，口出怨言又贿赂官吏，结果他和两个儿子窦宣、窦勋都死在狱中。

太后阴丽华的弟弟阴就的儿子附马阴丰，杀了公主，虽然阴太后还在，但刘庄也不徇私情，将阴丰杀死，阴就夫妇也自杀。

刘庄又以“怨望、县飞书诽谤”为由杀了河西功臣梁统的儿子同时也是自己姐夫的梁松。

之后刘庄征集数十万士卒、民夫，派王景治水。

王景“乃商度地势，凿山阜，破砥碛，直截沟涧，防遏冲要，疏决壅积”，修筑了从荥阳到千乘海口1000多里的黄河大堤。这次治水非常成功，后人有“王景治河千年无患”之说，此后900多年，黄河没有改道，决溢次数也不多，积患已久的黄河问题得到彻底解决。

连续的自然灾害如干旱、蝗灾和瘟疫袭击了匈奴，严重损耗了其人力和畜力。面对内争和天灾，单于舆和比分别向东汉示好，但提出的要求大相径庭：舆是“遣使诣渔阳求和亲”，比是遣使“诣西河太守求内附”。

匈奴内乱，乌桓趁机击破匈奴，刘庄就向乌桓赠送布帛。

鲜卑开始遣使朝贡东汉，后鲜卑都护偏何协助汉朝击溃北匈奴，得到赏赐。

辽西乌桓大人郝旦等九百二十二人归顺东汉，刘庄乃命大会劳飨，赐以珍宝。乌桓或愿留宿卫，封其渠帅八十一人为侯王君长，都居于塞内，负责招抚乌桓部落，并为东汉侦察情报，协助攻击匈奴、鲜卑。

刘庄依据司徒掾班彪的建议，恢复设置护乌桓校尉。

刘庄常夜巡尚书台，看见尚书郎药崧半夜吃糟糠充饥，没有被子，枕着桌子睡。刘庄龙心大恸，立即下诏：今后尚书台官员值夜，均由朝廷供应夜宵和早餐，并提供被褥枕头，以及女侍史两名听候调遣。

同时刘庄崇尚儒学，即位后亲自讲经，群儒云集，在洛阳圜桥门观看、听讲的人数，“盖亿万计”。他还命令皇太子、诸侯王及大臣子弟功臣子弟，都要读经。

又为外戚樊氏、郭氏、阴氏、马氏诸子弟在南宫创办学校，号称“四姓小侯学”。

同时设立五经师（教授五经的学官），聘任高明的经师传道授业。

于是，期门、羽林的守卫士兵全都通达孝经；就连匈奴单于也派遣自己的王子们来到东汉都城洛~阳留学，这是史上第一批外邦留学生，《后汉书》赞曰：“济济乎，洋洋乎，盛于永平矣！”

刘庄在位期间，多次下诏减免赋税徭役，减轻刑罚；令官吏劝督农桑，治理病虫害；并以公田赐与或赋与贫民，同时提倡节俭，宫廷生活不尚奢侈，一时之间，上行下效。所以，当时民安其业，户口滋殖，户籍的人口激增至三千四百多万。